从根本上来说，公司设立协议主要反映的是民事法律关系中的权利义务关系，所有违反公司设立协议的行为都是违反了合同，这种合同上的违约行为，应适用合同法的有关规定。公司的设立协议基本描绘出了公司的轮廓，起到了指引各个设立人的设立活动。在公司不能依法成立的情形下，设立协议也就显得格外重要了。其主要作用如：可以确定公司不能合法设立的原因；可以判定设立人的违约行为；可以确定违约人的赔偿责任等。
当公司设立协议并没有很好地明确各个设立人的权利义务以及违约责任时，法律风险也就应运而生了。通常来说，约定不当的法律风险是局部的，只有在特定的情况下才会产生影响。在法律风险评估中，通常这部分法律风险需要在其具体约定不明的事项及约定欠缺情况下来进行评估。
协议约定的事项违法的情况也偶有发生，但这些违法条款某些是个别无效，某些则可能影响公司成立。这种法律风险的影响常常是连锁性影响，因此需要对此相关的后续行为进行关注。
