目前实践中主要以《反不正当竞争法》第20条作为计算赔偿数额的依据，即侵害商业秘密给权利人造成损失的，应当承担赔偿责任，被侵害人的损失难以计算的，其赔偿额为侵权人在侵权期间因侵权所应得的利润。并可要求承担因调查侵权行为所支付的合理费用。
在计算商业秘密权利人（单位）的损失时，首先应计算财产收入方面的可计损失，如同期市场收入的减少额，也可按正常情况下该商业秘密的许可使用费来衡量；其次，还应将竞争优势方面的损失考虑在内，竞争优势的损失往往远大于可计损失，在计算时，应将开发成本、现实和未来的优势都估算进去，必要时也可委托资产评估机构对商业秘密的无形资产价值作出评估鉴定。
侵权所应得的利润除实际侵权所得的利润外，还应包括取得的竞争优势以及所节约的研制开发成本。
只有赔偿数额与实际损失或侵权所得相当，才有可能扼制住侵仅泛滥的发展态势。
