（一）性质不同。这是二者的根本区别。行政保护着眼于维护一种正常的商标使用秩序，一旦发现违法行为，即以政府的名义令其改正，并给予相应的处罚，它是一种基于职权的主动出击的保护；而司法保护则是一种应请求的被动保护，它遵循quot;不告不理"的原则，需要商标权人主动向司法机关寻求救济，司法机关才会采取措施。
（二）价值取向不同。行政保护讲究效率，它的措施比较直接、迅速、有力，程序也相对简单，这是它的优点，但缺乏程序的保障就难以保证真正公平的实现，这同时也是它的缺点所在。而司法保护追求的目标正是公正、合理，它有着比较完善的程序，美中不足就是诉讼冗长，缺乏效率。
（三）法律依据不同。行政保护除了商标法外，主要依据行政处罚法和相关工商行政管理法规，而司法保护在商标法之外，民法及其原理是其更主要的法律渊源。
（四）措施力度不同。行政保护的措施有责令停止侵权和罚款等，且一经作出即付诸执行。即便在行政诉讼期间一般也不停止执行。而司法保护的措施仅限于判令停止侵权、赔礼道歉和赔偿损失，它没有处以罚款的权力。因此从侵权人最终承担责任的大小来看，在司法保护中它仅负赔偿的民事责任，并不涉及惩罚性内容。而在行政保护中它除了向商标权人责令停止侵权外，还必须接受政府给予的处罚，也即侵权人必须负担更大的经济责任。所以说行政保护措施的打击力度较之于司法保护更大。 www.sqwqw.net
